Tânăra prostituată Rune Balot este luată în grijă de către ambiţiosul manager de casino-uri, numit Shell, care îi dăruieşte tot ce ea ar putea dori. Curioasă să afle de ce el a făcut atâtea pentru ea, se va documenta în legătură cu trecutul lui, lucru care îi va aduce sfârşitul, Balot fiind închisă într-o maşină care apoi va exploda.
Din cauza ratei înalte a crimei din Mardock City, o organizaţie numită "Scramble 09" se va forma, care, cu acordul poliţiei, va folosi metode extreme şi, în alte privinţe, ilegale, pentru a restabili liniştea în oraş. Un doctor din această organizaţie o va slava pe aproape moarta Balot, reasamblându-i corpul cu fibră sintetică armată. Când se va trezi, va afla că subconştinetul ei a ales răzbunarea împotriva celui care încercase s-o omoare.